این کمیته متشکل از رئیس هیئت‌مدیره، مسئولان کمیته‌های پژوهش، آموزش، ارزیابی و بهبود مستمر و روابط عمومی به عنوان ۴ عضو حقوقی و ۳ نفر اعضای حقیقی به انتخاب شورای سیاست‌گذاری جوایز ملی است. ریاست این کمیته بر عهده رئیس شورای سیاست‌گذاری است و دبیر جوایز ملی مسئولیت هماهنگ کردن جلسه‌ها و جمع‌بندی نظرات کمیته علمی را برعهده دارد. وظایف این کمیته تعیین و روزآمدسازی شاخص‌های ارزیابی آثار، ویرایش نظام‌نامه و تدوین دستورالعمل‌ها و راهنماهای مرتبط با آن، ارزیابی اولیۀ آثار و انتخاب آثار برگزیده برای ارسال به مرحله دوم داوری، تعیین داور برای هر یک از آثار، نظارت بر اجرای فرایند اعطای جوایز، حل و فصل مسائل داوری، رسیدگی به شکایات و جمع‌بندی نظرهای داوران است.